E’ attaccata al Municipio perché in origine era la chiesa legata al Convento delle Benedettine.

La facciata è a tre ordini con un’ondulazione verticale tipica delle chiese del Val di Noto. Nel secondo ordine c’è una gelosia in ferro battuto che risponde ai balconi dei palazzetti vicini. I lavori dell’attuale edificio iniziarono dopo il 1760 e furono diretti da Alberto Maria di San Giovanni Battista mentre i disegni sono attribuiti a Vincenzo Sinatra; nell’800 vi fu anche l’intervento di Salvatore Alì. L’interno è a forma ovale, ma la pianta della chiesa è un esercizio di cerchi in cui si collocano l’aula principale il nartece, l’abside. Le pareti e la volta sono ricchi di stucchi opera di Giovanni Gianforma, l’affresco sulla volta raffigura San Benedetto. Molto bello il gioco di luci che si determina grazie alle finestre colorate che si trovano in alto. Nel nartece tre medaglioni opera di Giuseppe Sesta ripropongono tre paesaggi urbani.

All’interno della Chiesa di San Giovanni è custodito uno dei quadri più significativi della città: il “Cristo di Burgos” noto come il Cristo in gonnella.

Il dipinto è stato donato al Monastero dalla fondatrice Donna Giovanna Di Stefano.
Dopo diverse ricerche, grazie all’aiuto di uno storico dell’arte dell’Università di Burgos, si è avuto coferma di chi fosse l’autore: il quadro è di Juan de Palazín, pittore attivo tra fine Seicento e inizio Settecento nella regione di Medina del Campo.

Si tratta di una rappresentazione rara in Italia ma molto diffusa nella tradizione spagnola.
Esiste infatti una copia del dipinto attualmente custodito nell’eremo di “Nuestra Señora del Amparo” a Medina del Campo, una scultura custodita nella Cattedrale di Burgos e altre tele simili a quella importata in Sicilia, dipinte da autori diversi, sparse in tutta la Spagna.

La chiesa è ancora aperta al culto, vi si celebra l’Addolorata di San Giovanni, la processione di due statue che richiamano usi e costumi della Spagna ed è anche sede del Sacrario dei caduti in guerra.