La chiesa rupestre di Santo Spirito si trova sul Colle di San Matteo, precisamente sul versante della Cava di Santa Maria la Nova, presso il Castello dei Tre Cantoni.
Viene menzionata in una carta notarile del 25 ottobre del XIV secolo, che evidenziava il posizionamento della grotta con la quale la chiesa confinava, mentre negli atti del notaio Carlo Guarino relativi al 1601 e 1602, segnalati dal Canonico Pacetto, viene nominata la contrada della chiesetta dello Spirito Santo.
Con il terremoto del 1693 si verificò il crollo del costone roccioso su cui era scavata la chiesa rupestre e il Pacetto ci fa sapere che fu poi edificata agli inizi del ‘700: “un certo Canonico Alfieri fabbricò una nuova Chiesa soprastante all’antica…decorandola di tre altari e di una elegante architettura.”
La nuova chiesa venne completata nel 1747, anno inciso su un concio del prospetto e vi furono celebrate le messe fino al 1820 circa.
Inoltre vi era una specie di Catacomba sotto la chiesa settecentesca, con la quale comunicava per mezzo di un passaggio gradinato scavato nella roccia fra l’abside e la parete di fondo della chiesa in muratura, dove sono presenti i resti di antichissime pitture.
La chiesetta anche se si mostra ancora integra, risulta gravemente danneggiata ed è stata più volte vittima di atti vandalici.